游戏主角依旧是红色紧身衣下的peter，《蜘蛛侠2》的故事剧情将以基于任务的章节体结构加以描述，同时游戏的自由度也会较前作大大提升，当玩家在城市中遇到特定人物时，可以发现他们头顶会出现不同颜色的标识，如果你走过去和他们交谈，就会卷入一系列随机的任务中去，或是触发一些特殊的事件从而带动整个故事主线向深处发展。游戏中将会有100个挑战性质的任务遍布于整个纽约城，如在规定的时间内从城市一端跑到另一端，如果任务顺利完成，蜘蛛侠的体力和技巧值将会得到相应的提高。