《妖人-幻妖异闻录》太平洋戰爭結束的十年後。開始出現一種雖然身為人類,卻擁有異形外型與能力的人。他們被判定是罹患『妖人病』的『妖人』,被其它大部分的『人類』厭惡並且排斥。
對於他們的存在有所顧忌的日本政府,終於決定將所有妖人集中在某處的一座都市『神澤市』予以隔離。有一名叫做武部涼一的少年。身為妖人的他、由於隱藏著某種危險性,因为这个他並非被留置於『妖人都市.神澤』,而是隔離於孤島的醫院。他在那裡遇見了『鈴』。纵然各式各樣的人想要離開他,卻只有這名女孩一直陪在涼一的身邊。不过,引發了某個事情的涼一,以资為契機與鈴一同逃離了醫院。兩人改名為如月雙七與如月鈴,潛入了『妖人都市.神澤』。這是一座外圍被巨大的防壁籠罩,妖人為了妖人而建立的妖人都市。憧憬已久,平穩的日常生活與學校生活。雙七就這麼沉浸在其中,即使在他人的眼中有多麼微不足道,對他而言卻是無可取代的寶物。然而,為了鈴的『某個秘密』,政府機關與邪惡份子盯上了她。為了守護夢想与所深愛的人們,如月雙七的戰鬥才正要展開。