《新世纪福音战士:机密档案》游戏以tv版动画17～24集与剧场版「air真心为你」为基础。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隶属于nerv情报部的探员剑崎恭也。本事从主角机密输送eva四号机到了nerv本部开端，面临恐怖份子的袭击、nerv内部暗藏的阴谋等，透过考察各个事情，逐步解开原作中容留的各种谜团。玩家扮演的主角剑崎，在与美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐步对自己的任务与未来产生了疑问…