《魂斗罗:进化革命》故事发生在公元2633年，随着科学技术的进步,地球逐渐变为自然与科学协调发展的和平世界。可是在其背后，一个巨大的阴谋正在威胁着地球，这就是外星人的人类灭亡计划。海军战队的上等兵比尔和兰斯收到消灭异星侵略者的任务。魂斗罗2人组奉命向异星侵略者的要塞珈卢伽群岛内部出发。