《黄昏时刻的境界》被划分为昼与夜的两个世界的不可思议的舞台上，性格对比鲜明的三人组突破有关魔术的难题障碍的故事。主人公以新生的身份来到了深山里一所耸立着大型钟塔的全住宿制校园。然而，他在第一天上学就突然被卷进麻烦里面，毁坏了校园门口一个样子很贵重的像。在学园长所下达的、以劳动一段时间来作为赔偿的指示下，主人公与作为麻烦的源头的一个男学生一起，被分配到“特殊事案调査分室”。当他们来到巨大的地下图书馆内部的分室房间时，里面正有一个冷淡的少女在等着他们。毫无来由地，两人被少女所告知：这个学校里，生活着真正的魔物——伴随着钟塔的钟声，学校会显现出“夜之世界”，并与校舍一体化。分室的任务，就是要去解决在学校里发生的有关魔术的问题。就这样，主人公等人在各种的“遗品（ミスト）”的捉弄下开始为校园而奔波。